高中榜眼后，姜国仲一直在北京任职。
咸丰三年（1852年），李信出任湖北汉阳府游击，在与太平军作战中，战死在汉阳奎星阁下。李信死后，姜国仲升为正三品带刀侍卫。
咸丰十年（1860年），山东省境内连续几年出现灾荒，广大农民吃糠咽菜，地方大户利用高利贷剥削农民，贱价收购农民土地。广大农民活不下去，掀起抗粮运动。一个叫宋景诗的人站出来领导农民进行抗粮运动。他能文能武，建立了黑旗军，队伍迅速发展壮大。在抗粮运动的基础上，提出了“兴汉灭胡”“扫清立明”的政治口号，一年内进攻山东境内20余县。由于纪律严明，深得农民的拥护，队伍扩大到十万人之多，引起清政府的巨大震动，随即派遣都统恒龄率兵镇压，姜国仲任恒龄属下从二品总兵官。
1861年6月，恒龄率领30000余人在山东黎儿庄、潘庄一带与宋景诗黑旗军展开作战。结果被早有准备的黑旗军设伏打得大败，恒龄亲率的几千人几乎被杀光，其余各路人马，除姜国仲部先撤退外，都被黑旗军打垮，还遗失大炮多门。姜国仲虽然保全了队伍，但因救援不力被清廷免去总兵官，降为暂代总兵官之职。
恒龄大败后，咸丰皇帝派出直隶总督刘长佑同他一并剿灭黑旗军。朝廷军队和黑旗军数次作战互有胜败，双方死伤惨重。清政府改变了策略，采用武力剿灭和招抚归降的办法，令总兵官丁宝桢和副将保德出面在山东辛集与宋景诗会面，表达招降之意。宋景诗利用谈判之机，向刘长佑部发起攻袭，在柳林范寨杀死刘长佑部下百人。刘长佑被降三级留任，丁宝桢、保德革职留任。黑旗军势力越来越大，清廷派出蒙古科尔沁亲王僧格林沁来到山东，令刘长佑，恒龄及下属丁宝桢、姜国仲等归其调遣。僧格林沁认为宋景诗黑旗军是一群“土耗子”，不值一提。很快就在山东柳林一带与黑旗军展开决战，黑旗军被迫撤退。同治四年，僧格林沁率刘长佑、恒龄、姜国仲、丁宝桢等，一路追击黑旗军到山东曹州。黑旗军联合捻军合围清廷军队，僧格林沁乘夜突围不成，被黑旗军杀死在麦田里。
僧格林沁死后，清廷朝野震动。由刘长佑为主将，率各路总兵几十万人对黑旗军和捻军进行血腥镇压。同治七年（1868年），宋景诗在山东骇河被清军围歼，突围不成，宋景诗被迫投江而死，一场轰轰烈烈的农民起义失败了。
同治十年（1871年），征战多年的姜国仲，旧伤复发，向朝廷辞官，告老回乡。为了表彰他参与镇压黑旗军有功，朝廷拨了一笔银子给他，要他回乡建榜眼府。千里奔波回到故乡大树堡海螺坝，由于父母已逝，姜国仲并没有回家，而是去拜会自己的恩师曹武举，从而引起了姜氏长辈的不满。他们认为按照天地君亲师，亲应当排在师之前，况且姜国仲当年拜师习武所花银两都是姜氏家族筹的，做官回来却不先拜本族长辈，没有给姜氏家族面子，大家故意找事，纷纷要求姜国仲给个说法。在海螺坝住了一段时日后，姜国仲跪拜哥哥姜国洪后，带着妻儿到了雅州府，在雅安建了府第，从此过上隐居生活，直至去世。
作者：姜猛